１)自然哲学思想

西洋医学は，ルネッサンスの影響を受けた，自然の真理を客観的・絶対的に分析する自然科学を土台に発達した医学である。

それに対して東洋医学は自然の現象から哲学が産まれ，それを人体の生理・病理の考え方に取り入れた，いわば自然哲学を土台に発達した医学であるといえる。
 

２)総合的思考

自然科学にその根拠を求める西洋医学は，要素還元主義的分析を行い，それが現代の技術革新と重なり，めざましい発展をとげてきた。

それに対し東洋医学は，人体の局所にとらわれるのではなく（要素に還元するのではなく），常に人体を一つの統一性を持った有機体として捉え観察研究して発達してきた医学である。
 

３)相対的認識法

西洋医学は，ある現象の捉え方を普遍化・絶対化することにより，客観化と定量化を進め発達してきた．すなわち，さまざまな生体現象を数値として扱い客観的評価基準を尊重する。

東洋医学は一人一人に基準を置き，その人の中での調和や平衡を重視してきた．いわゆる絶対的な基準を持たない相対的認識に基づく医学である。
 

臨床診断や治療について

東洋医学と西洋医学の最も大きな違いは、疾患や体のとらえ方です。

西洋医学では患者の症状や訴えを聞き、さまざまな検査方法を用いて、考えられる病名を診断し、その病気あるいは病原菌などに対して治療方針を立てます。検査値の正常化が治療の重要なポイントとなります。薬や手術が病原菌などと戦う主戦力となり、局部の病気は主にその部分だけの病変と認識され、薬や手術でその部分の治療のみに力を注ぎます。

東洋医学では、人体の全体性を重視している。病気は体のある部分だけの病変ではなく、五臓六腑のすべての機能につながった生命体の病変としてとらえます。東洋医学の考え方としては、人間にはもともと自然治癒力が備おり、常に襲って来る細菌やウイルスなどの病原菌と戦って、生命を維持する能力を発揮しています。自然治癒力がこの戦いの主戦力となり、戦いの結果、体の自然治癒力が勝てば「健康」、負ければ「病気」や「死」につながります。東洋医学の治療はこの戦いの中で援軍の役割を果たし、体の自然治癒力の手助けをします。同じ病名でも人によってそれぞれの体質に適応した援軍を（人によって異なる薬、つぼ）を送らなければならない、医者は脈や舌、患者の訴えや体調などにより患者の体質を見分け、その体質に合う処方をします。なので、治療では人間の自然治癒力を高めることを主眼に置いてます。

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